6.小智父亲之谜

小智作为口袋妖怪动画的绝对主角，想必大家一定不会陌生，不过大家都知道小智的妈妈叫花子，而动画中小智从来没有提起过自己的父亲，那么小智的爸爸是谁就成了口袋妖怪中最大的未解之谜......有人说是坂木老人(目前坂木老人的希望最大)，有人说是大木博士(小智成了小茂的叔叔)，还有丧心病狂的人说是小智妈妈身边的那个吸盘魔偶......

7.真·神兽之谜

口袋妖怪中的神兽有很多，形态体型性格各异，实力和能力十分强大。但是所有这些神兽虽然都具备心灵感应能力与人类沟通，但是都没有正常的语言能力。在所有的口袋妖怪中，只有两个可以以人类的语言说话，一个是剧场版登场过的河马王(有说法是人类伪装)，另外一只就是火箭队三人组的真·神兽——喵喵。喵喵和(宫本)武藏、(佐佐木)小次郎一起，天天为了靠抓到皮卡丘博得坂木的欢心为奋斗目标，虽然处于小智一行人的对立面，但实际上和(宫本)武藏、(佐佐木)小次郎都算不上什么坏人。在剧场版中还多次协助过小智等人的行动。

但就是这么逗比的角色却是整个口袋妖怪世界中唯二(很可能是唯一)一只会说人类语言的口袋妖怪，有人说这是为了火箭队两人一猫交流方便，但是要知道和小智一行人互动更多的皮神都没有语言能力。

8.超梦性别之谜

好吧，虽然梦幻没有性别差异，利用梦幻睫毛中提取出的的DNA被制造出来的超梦同样也没有性别能力。但是在第一部剧场版《超梦的逆袭》中，超梦的声优为男性，而到了2013剧场版《神速的盖诺塞克特：超梦觉醒》中，声优又变成了女性，而且小智和超梦一人一妖怪就像得了健忘症一样，谁都不认识谁......

9.口袋妖怪被攻击不死之谜

在口袋妖怪世界中，口袋妖怪的属性多种多样，有普通、火、水、草、电、冰、虫、飞行、地面、岩石、格斗、超能、幽灵、毒、恶、钢、龙、妖精等18种，对应的能力也是各种各样。这些技能有强有弱，但是不管强弱，这些看上去有天崩地裂排山倒海之势的技能打在口袋妖怪身上除了会受伤之外愣是没什么大碍。拍击，低空踢，投掷什么的就不说了，听名字就死不了。但是像什么十万伏特，百万吨巨拳，破坏死光这些听上去就屌的不行的招式打在口袋妖怪身上没什么事就有些让人想不透了......

10.小智年龄之谜

从1996年第一部口袋妖怪的动画开始到现在经过将近20年的发展，主人公小智的年龄居然还是10岁，这种永葆青春的能力或许才是口袋妖怪世界中最大的未解之谜吧。